細胞内には多種類の化合物が存在し、酵素反応により他の化合物へと代謝・変換されています。細胞内の物質代謝metabolism全体は、生体内化合物からなるネットワークnetworkを形成しています。現在、ゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム解析の進展に伴い、多くの生物種・細胞・組織・臓器で実際に働いている代謝経路metabolic pathways・代謝ネットワークmetabolic networksの全体像を推定することが可能になってきました。その一方で、推定により構築される代謝ネットワークは膨大な種類の反応を含んでおり、代謝系全体の機能を理解・予測することは新たな課題です。代謝学グループでは、
IMACは、代謝学グループで開発中の原子レベルの代謝データベースdatabaseで、IMACの名称はInter- and Intra-Metabolite Atom-level Connectivityの略です。GNU OctaveならびにMatlabでの利用を想定しています。
自分自身が原子になってみたとすると(2006年に書いた小論から)(Scienceかどうかは微妙ですが、個人的には面白いと思っています。学会で度々、自己紹介代わりに、考えを紹介しました。日本人、外国人にかかわらず、一緒に面白がってくれた人とは、良い知り合いになれました。)
2006年から、コンピュータ上で仮想代謝ネットワークを生成する研究を始めました。未知の代謝経路の予測、代謝ネットワークの構成原理の解明につながると考えています。